Dopo il successo della missione nei territori già calvinisti, nuovi impegni attendono Francesco.
Siamo nel 1598, lui ha 31 anni ed è prete da 5 e per la diocesi di Ginevra scadono i termini per la visita “ad limina”, che ogni vescovo deve fare, allora come adesso, al papa per rendicontare la situazione della sua diocesi.
Ma il vescovo titolare mons. De Granier è ammalato e non può sostenere il viaggio fino a Roma.
Subito dopo di lui, nella gerarchia diocesana, viene Francesco che è il presidente del Capitolo della Cattedrale ed è laureato in diritto e quindi viene inviato come rappresentante del vescovo presso la curia pontificia.
Intanto che è a Roma gli viene chiesto di sottoporsi all’esame preliminare per la nomina a vescovo e lo supera e quindi nel 1599 a soli 32 anni viene nominato vescovo ausiliare della sua diocesi.
Nell’ottobre di 3 anni dopo (1602) muore il vescovo de Granier e Francesco diventa automaticamente vescovo titolare della diocesi di Ginevra, ma, come sappiamo, con residenza ad Annecy perché la città di Ginevra è governata dai calvinisti ed i cattolici non possono neanche abitarvi.
Nel 1604 il principe di Savoia Carlo Emanuele vuole riconquistare la città, che formalmente appartiene al suo ducato, ma che siè ribellata al suo governo. La spedizione militare si conclude con una sconfitta del principe e quindi i ginevrini tornano ad occupare i territori che Francesco aveva visitato e riconvertito 10 anni prima, distruggendo nuovamente le chiese appena ristrutturate.
Stavolta, essendo il vescovo titolare, Francesco deve affrontare il problema come primo responsabile della ricostruzione ed essendo per convinzione un vescovo “tridentino” vuole applicare nella sua diocesi le norme promulgate dal Concilio di Trento (1543 – 1563).
Nel suo viaggio in Italia per la visita “ad limina” era passato anche da Milano ed aveva conosciuto il card. Federico Borromeo (1564 – 1631) che nella sua diocesi applicava le norme tridentine di cui il cugino S. Carlo (1538 – 1584) era stato un efficace protagonista.
Come raccontato nei Promessi Sposi, il card. Federico compì nella vasta diocesi di Milano la “visita pastorale” a tutte le parrocchie e anche il vescovo Francesco il 17 giugno 1606 iniziò la sua “peregrinatio” a tutte le parrocchie che durerà 5 anni.
La visita pastorale di allora, ovviamente, è molto diversa da quelle attuali, con il Vescovo che, la sera, torna in macchina a casa sua. A quei tempi significava rimanere lontani dalla sede per tutta la durata della visita e mangiare e dormire come si poteva in parrocchie molto povere. Per questo non tutti i vescovi si adattavano a queste situazione, ma quella visita valse a Francesco la caratteristica di vescovo “pastorale”, oltre che uomo di cultura per i libri che scriveva.
Ma ai vescovi di allora venivano spesso affidati anche compiti politici ed anche Francesco ne ebbe; infatti, nel settembre del 1618, il principe di Savoia lo inviò come componente di una delegazione piemontese a Parigi dove rimase diversi mesi.
Ai doveri diplomatici aggiunse ovviamente anche impegni pastorali ed incontrò diversi personaggi della capitale tra cui S. Vincenzo de Paoli, che avrà, per amicizia con il fondatore, un ruolo importante anche nella vita della Visitazione.
Francesco non ottenne la nomina a vescovo, come si usava allora per “nepotismo”, egli non aveva nessuna parentela con mons. De Granier e quindi divenne vescovo per meriti propri ed onorò la sua missione episcopale con dedizione ed amore profondo per Cristo, per la Chiesa e per il suo popolo.