Il Seminario è guidato dal Rettore, don Marco D’Agostino, che offre alla comunità il compito di guida e punto di riferimento. Il Rettore è colui che ha la responsabilità di seguire il percorso di formazione di ogni seminarista e di guidarlo nel corso degli anni di preparazione.

È presente nella comunità anche un Vicerettore, don Francesco Cortellini che collabora con il Rettore nella conduzione della comunità, prendendosi cura dei suoi aspetti più pratici e seguendo più da vicino la classe di propedeutica.

Accanto alla figura del Rettore vi è quella del Direttore spirituale, don Maurizio Lucini. Egli ha il delicato compito di accompagnare ogni seminarista nella crescita spirituale e umana attraverso la preghiera e l’aiuto nel discernimento.